Superračunalo Bura koristit će se u istraživanjima na području biotehnologije i biomedicine

Superračunalo Bura koristit će se u istraživanjima na području biotehnologije i biomedicine

Potrebe znanstvenika za brzom obradom podataka danas su sve veće pa ne čudi stoga činjenica kako Isabella više nije najsnažnije superračunalo u Hrvatskoj. Od nedavno je najsnažnije superračunalo postala Bura. Riječ je o superračunalu vrijednom 5,76 milijuna eura nabaljenom u sklopu projekta Razvoj istraživačke infrastrukture na Kampusu Sveučilišta u Rijeci

Valentina Vukoje

Superračunala danas predstavljaju budućnost u razvoju znanosti i u istraživanjima. Posljednjih desetljeća mnoge su razvijene države krenule s razvijanjem vlastitih superračunala. Pružanje pomoći u upravljanju nuklearnim arsenalom, istraživanja u području biotehnologije, medicine, sporta, korištenje u automobilskoj industriji, izračuni vremenske prognoze samo su djelić zadataka, koje svakodnevno obavljaju superračunala diljem svijeta. Ona se danas koriste za specifične zadatke u kojima je potrebna velika brzina obrade podataka.

Hrvatska je svoje superračunalo dobila 2014. godine kada je računalni klaster Isabella Sveučilišnog računarskog centra (SRCE) proširen i softverski nadograđen. Uveden je programski sustav ScaleMP, koji je omogućio spajanje više poslužitelja u jedno virtualno računalo. Korisnicima je od tada dostupno 160 procesorskih jezgri s 2 TB radne memorije. „Isabella se danas sastoji od 40 radnih čvorova s ukupno 704 procesorske jezgre povezanih računalnom mrežom Infiniband brzine 56 Gb/s“, objašnjava Emir Imamagić, predstojnik Sektora za računalne sustave SRCA. Isabellu danas koristi preko 200 istraživača, koji rade na gotovo 80 projekata iz cijele Hrvatske.

Emir Imamagić

Emir Imamagić

„Tijekom 2015. godine korisnici su ostvarili gotovo 100.000 izvođenja različitih aplikacija. Među najvećim potrošačima su Institut Ruđer Bošković i Farmaceutsko-biokemijski fakultet, Sveučilište u Zagrebu. Gledano po znanstvenim područjima, Isabellu najviše koriste kemičari, biolozi, matematičari i fizičari“, rekao je Imamagić.

Bura preuzela prvo mjesto u Hrvatskoj

Potrebe znanstvenika za brzom obradom podataka danas su sve veće pa ne čudi stoga činjenica kako Isabella više nije najsnažnije superračunalo u Hrvatskoj. Od nedavno je najsnažnije superračunalo postala Bura. Riječ je o superračunalu koje je nabavljeno u sklopu projekta Razvoj istraživačke infrastrukture na Kampusu Sveučilišta u Rijeci.

Sustav Bure sastoji se od hibridne računalne arhitekture, koja se pak sastoji od višeprocesorskih i višeračunalnih sustava; od 12 TB memorije, 512 procesorskih jezgri i 245 TB lokalnog sustava za pohranu. Višeračunalni sustav čini 288 računalnih čvorova, koji zajedno imaju ukupno 6912 procesorskih jezgri. Svaki pojedini čvor ima 64 GB memorije i 320 GB diskovnog prostora. Osam čvorova se sastoji od dvostrukih ubrzivača baziranih na grafičkim karticama opće namjene. Pored toga postoji kompleksan sustav Data centra, koji omogućava rad ovog superračunalnog sustava“, pojašnjava Elvira Marinković Škomrlj, glasnogovornica Sveučilišta u Rijeci. Bura je tako postala najjače superračunalo u Hrvatskoj, ali i u okruženju. Proizvođač Bure je francuska kompanija ATOS/Bull, dok su implementatori  Smartis Ljubljana i Smartis Zagreb.

Natjecateljskim dijalogom do nabave opreme

Buri je potrebno oko 90 minuta da bi bila u punome pogonu, a oko 45 minuta potrebno je za njezino potpuno gašenje. „Ovakav stroj podrazumijeva zahtjevne mjere i procedure održavanja. Održavanje nije laka zadaća i za to je potrebno veliko predznanje. Stoga će djelatnici Centra proći dodatne usmjerene edukacije. Planirano je da na održavanju radi do pet osoba, kojima bi to bio zadatak pored obavljanja njihovih znanstvenih aktivnosti, a cijeli se sustav nalazi pod dvadesetčetverosatnim nadzorom“, napominje Marinković Škomrlj.

Vrijednost ovog superračunala iznosi 5,76 milijuna eura i financirano je iz fondova Europske unije. „Koristit će se u istraživanjima i radu na području biotehnologije i biomedicine, ali će se zbog svojih karakteristika i performansi također biti pogodno prirodnim i tehničkim područjima“, objašnjava Marinković Škomrlj. Nabava ove opreme obavljena je natjecateljskim dijalogom. Marinković Škomrlj ističe kako se natjecateljski dijalog po prvi puta proveo u Hrvatskoj i zbog toga je Sveučilište u Rijeci pripremalo natječaj skoro tri godine.

Priprema se projekt Hrvatski znanstveni oblak

Računalni klaster "Isabella"

Računalni klaster “Isabella”

U SRCU također planiraju daljnje razvijanje Isabelle. Riječ je o projektu Hrvatski znanstveni oblak (HR-ZOO), koji Srce priprema s još nekim partnerima. Tako će se u sklopu ovog projekta uspostaviti nacionalna sjedišta u Osijeku, Rijeci, Splitu i Zagrebu. U tim će sjedištima biti smješteni računalni resursi. „HR ZOO će se sastojati od superračunalnih resursa za potrebe naprednog računanja, resursa zasnovanih na paradigmi oblačnog računalstva (engl. cloud computing) za opće namjene te diskovnih i tračnih resursa za pohranu velikih kolekcija podataka. Superračunalna komponenta HR ZOO-a bit će najmoćnije superračunalo u Hrvatskoj. Projekt će biti sufinanciran iz strukturnih fondova EU, odnosno Europskog fonda za regionalni razvoj (ERDF)“, najavio je Imamagić.

Osim HR-ZOO, djelatnici Srca surađuju s Ministarstvom zaštite okoliša i prirode (MZOIP) na uspostavi superračunala za potrebe izrade Strategije prilagodbe klimatskim promjenama u Republici Hrvatskoj. „Resurs će biti integriran s Isabellom i dan na raspolaganje svima dok ga MZOIP ne koristi, a po snazi će biti oko pet puta snažniji od sadašnje Isabelle“, objašnjava Imamagić i dodaje kako su danas superračunala jedna od ključnih komponenata e-Infrastrukture za razvoj znanosti u svijetu. „Sva znanstvena područja danas imaju potrebu za zahtjevnim računanjem, koje nije moguće provoditi bez superračunala i ostalih infrastruktura za napredno računanje. Očekuje se da će u budućnosti potrebe za naprednim računanjem samo rasti pa će se sukladno tome pojavljivati novi i moćniji oblici superračunala“, zaključio je Imamagić.

—–––

*Objava članka je sufinacirana sredstvima Fonda za poticanje pluralizma i raznovrsnosti elektroničkih medija